厭氧生物處理技術：厭氧生物處理技術主要包括厭氧消化法和水解酸化法兩種處理工藝。其中，厭氧消化法是嚴格控制厭氧條件下的生化處理過程。在厭氧消化處理過程中，廢水中含有的高分子、難降解有機污染物被分解為甲烷、二氧化碳、水等小分子物質。一般厭氧消化工藝處理發酵類制藥廢水C()D去除率在50%～85%。目前，應用廣泛的厭氧反應器主要有升流式厭氧污泥床(UASB)反應器、厭氧復合床(uBF)反應器、厭氧膨脹顆粒污泥床(EGSB)反應器、厭氧折流板反應器(ABR)等。水解酸化法是在兼氧或非嚴格厭氧的條件下，通過微生物的水解及發酵等作用，將高分子有機物轉為簡單有機物等產物的過程。目前，水解酸化法在發酵類制藥廢水處理中廣泛應用，實際應用中將水解酸化處理作為好氧生化的前處理。

好氧生物處理技術：好氧生化處理技術是利用好氧微生物在有氧氣存在的條件下進行生物代謝以降解有機污染物的處理方法。好氧微生物在廢水處理過程中經過復雜的生化反應，終以低能位的無機物穩定下來，達到廢水處理無害化的要求。

好氧生化處理技術以活性污泥法和生物接觸氧化法為主，而近年來則以水解一好氧生物接觸氧化法以及不同類型的序批式活性污泥法居多。如傳統活性污泥法是傳統的好氧生物處理技術，處理工藝成熟，在傳統發酵類制藥廢水處理中應用廣泛。附生物降解法(AB法)，屬超高負荷活性污泥法，其突出的優點是A段負荷高，抗沖擊負荷能力強，特別適用于處理濃度高、水質水量變化大的發酵類制藥廢水。生物接觸氧化法，則兼有活性污泥法和生物膜法的特點，與活性污泥法相比，單位體積牛物蕈大、生物活性及容積負荷高，處理過程不需要污泥回流。膜生物反應器(MBR)，具有污泥濃度高，有機污染物去除率高，脫氮脫磷效果好等特點。序批式間歇活性污泥法(SBR)，是一種廢水處理工藝。由于系統的非穩態運行，反應器中生物相復雜，微生物的種類繁多，各種微生物交互作用，去除率要比傳統活性污泥法高。因此，目前該方法在處理復雜發酵類制藥廢水處理中也發揮其突出貢獻。